El gobierno de Fujimori tiene en el tema de los derechos humanos uno de sus puntos más críticos, además de la falta de un Estado de derecho. En las Naciones Unidas (ONU) existen más de 5,000 denuncias de desapariciones aún no investigadas, desde 1982 hasta la actualidad. Los familiares de estos desaparecidos, en su mayoría población andina y amazónica, siguen reclamando verdad y justicia. Además hay miles de personas injustamente encarceladas.