En el caso del departamento de Junín, el Sistema de Vigilancia ha visto conveniente diferenciar las zonas geográficas de sierra y selva- debido a las características particulares de cada una de éstas. En el caso de la zona selva central, la propuesta de vigilancia del PRC estableció una alianza con el Centro Amazónico de Antropología y Aplicación Práctica (CAAAP), una institución que trabaja por más de 30 años con los pueblos indígenas de la selva central.